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Profitez d'une vitesse et d'une précision sans précédent dans le domaine de la génomique de précision grâce à la suite logicielle NVIDIA Clara™ pour la génomique.
Réduisez les délais de découverte et d’identification des traitements avec des workflows optimisés.
Réduisez les délais des procédures d’analyse chronophage à quelques minutes seulement et renforcez la vitesse, la précision et le rendement des workflows de génomique.
Optimisez l’alignement, le traitement et les appels de génomes et d’exomes entiers pour les workflows dédiés aux variantes somatiques et germinales.
Le secteur de la génomique englobe différentes méthodes pour des applications variées allant de la recherche pharmaceutique à la médecine de précision en passant par les études sur la santé des populations ou les diagnostics cliniques. Ce milieu regroupe de nombreux acteurs tels que des instituts de recherche, des établissements de santé, des centres de diagnostic et de séquençage, des programmes nationaux, des laboratoires pharmaceutiques et des sociétés de la bio-industrie jouant tous un rôle essentiel dans les découvertes en génomique. L’accélération des analyses permet d’améliorer les diagnostics, de personnaliser les traitements et de rationaliser la recherche pharmaceutique, ce qui aide les professionnels à économiser du temps et des ressources tout en améliorant la prise en charge des patients et en permettant des décisions en temps réel reposant sur les données.
Le séquençage court, qui contribue à générer de courtes séquences d’ADN, est vivement apprécié pour sa rapidité et son accessibilité. NVIDIA® Parabricks® accélère les outils d'analyse secondaire de référence, de l'alignement aux appels de variantes, ce qui permet d'analyser rapidement les données de séquençage court. Ces outils peuvent être utilisés avec les données d'Element, Illumina, MGI, Singular et Thermo Fisher.
Le séquençage long, qui permet l'identification de variantes structurelles, peut être utilisé pour assembler des génomes à partir d’échantillons multiples, contribuant ainsi à améliorer l’étude de la diversité génétique au sein des populations. NVIDIA Parabricks accélère les outils d’analyse secondaire de référence pour les appels de base, l’alignement et les appels de variante, permettant ainsi une analyse plus rapide des données de séquençage long. Ces outils peuvent être utilisés avec les données liées à des séquenceurs comme Oxford Nanopore et PacBio.
NVIDIA RAPIDS™ accélère les workflows mono-cellule pour le traitement et la visualisation de données, avec un modèle d’utilisation similaire à des bibliothèques Python scverse. cunnData fournit une version allégée et réduite de l’objet AnnData pour le GPU, permettant ainsi une manipulation et un traitement rapides des données, que les bibliothèques RAPIDS cuGraph et cuML peuvent ensuite analyser en aval.
NVIDIA Parabricks inclut un workflow spatial et unicellulaire qui permet de réduire les goulots d'étranglement et d'accroître la précision. L'IA générative est plus spécifiquement appliquée à l'analyse spatiale avec VISTA-2D, un modèle de fondation d'imagerie cellulaire destiné à la segmentation haute précision. En tant qu'algorithme de Deep Learning basé sur des transformateurs, VISTA-2D fonctionne sur plusieurs types de cellules et prend en charge de multiples jeux de données, modalités et GPU.
Les microservices NVIDIA NIM™ offrent une solution d'inférence de l'IA complète et en couches, combinant la puissance de conteneurs préconçus, des API standard du secteur, la prise en charge de modèles personnalisés, du code spécifique au domaine et des moteurs d'inférence optimisés. Utilisez les microservices NIM à la carte pour créer votre workflow d'applications génomiques personnalisées.
Exécutez DeepVariant de Google optimisé pour le GPU. Changez de modèle pour améliorer la précision sur tous les principaux séquenceurs.
Générez des sorties BAM avec une ou plusieurs paires de fichiers FASTQ, en exécutant les meilleures pratiques BWA-MEM et GATK.
NVIDIA Parabricks fournit des versions accélérées par GPU d’outils utilisés au quotidien par les biologistes computationnels et les bioinformaticiens, ce qui permet de réduire les délais d’exécution et les coûts de calcul, tout en optimisant l’évolutivité.
Pour les clients qui ont besoin d'assistance pour Parabricks dans les workflows cliniques, les grands projets de séquençage, les plateformes à haut débit et d'autres workflows nécessitant une assistance immédiate, NVIDIA propose NVIDIA AI Enterprise.
Comparez les avantages de Parabricks avec NVIDIA AI Enterprise
Gain de neuf ans de temps de traitement avec NVIDIA Parabricks
Accroître la précision et de vitesse du séquençage long avec Pacific Biosciences
Réduire le traitement de l'analyse spatiale et unicellulaire de quelques heures à quelques minutes grâce au Translational Genomics Research Institute
NVIDIA Parabricks est une suite logicielle accélérée par GPU conçue pour l'analyse génomique. Parabricks est compatible avec tous les principaux instruments de séquençage et prend en charge divers workflows de bioinformatique.
Parabricks accélère le traitement, réduit les coûts et améliore la précision de l'analyse génomique.
Oui, les résultats de Parabricks correspondent à ceux des outils open source. Vous pouvez donc arrêter les outils open source et obtenir les mêmes résultats avec Parabricks. Vous trouverez les derniers bancs d'essai de la version 4.3.1 dans le tableau ci-dessous.
Performances en minutes. 30 fois plus de génomes entiers séquencés pour FQ2BAM, BWA-Meth, DeepVariant et Haplotype Caller avec les données Illumina. 50 fois plus de génomes entiers normaux des tumeurs séquencés pour Mutect2 avec les données Illumina.
Parabricks est disponible sous forme de conteneur public sur NVIDIA NGC™ pour une utilisation sur site ou sur n'importe quelle plateforme ou fournisseur de services cloud.
Pour les clients qui ont besoin d'une assistance pour Parabricks dans les flux de travail cliniques, les grands projets de séquençage, les plateformes à haut débit ou d'autres flux de travail nécessitant une assistance immédiate, NVIDIA propose NVIDIA AI Enterprise.
Parabricks peut être exécuté sur les systèmes de fournisseurs de cloud public, de plateformes et de partenaires, ainsi que sur site.
Configuration matérielle requise
Configuration logicielle requise
Parabricks est pris en charge par la plupart des GPU d'entreprise NVIDIA, y compris les GPU Tensor Core A100, A6000, A40, A30, A10, L40, T4 et V100.
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