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Velocità e accuratezza senza precedenti nella genomica di precisione con la suite software NVIDIA Clara™ for Genomics.
Riduzione significativa dei tempi di ricerca e identificazione dei trattamenti con flussi di lavoro ottimizzati.
Riduzione dei tempi di analisi da giorni a minuti per migliorare velocità, accuratezza e produttività dei flussi di lavoro genomici.
Ottimizzazione dell'allineamento, dell'elaborazione e delle chiamate delle varianti di interi genomi ed esomi per flussi di lavoro germinali e somatici.
Il mercato della genomica abbraccia vari metodi che coinvolgono un'ampia gamma di applicazioni nella ricerca farmacologica, nella medicina di precisione, negli studi sulla salute della popolazione e nella diagnostica clinica. Il panorama è eterogeneo e include istituti di ricerca, strutture sanitarie, centri di diagnostica del sequenziamento, programmi nazionali, prodotti farmaceutici e di biotecnologia, che ricoprono tutti un ruolo essenziale nelle scoperte genomiche. Un'analisi più rapida porta a diagnosi più rapide, trattamenti personalizzati e ricerca farmacologica semplificata, il che consente di risparmiare tempo e risorse, migliorando la cura dei pazienti e favorendo decisioni basate sui dati in tempo reale.
Il sequenziamento a lettura breve genera brevi sequenze di DNA ed è particolarmente apprezzato per la sua velocità e convenienza. NVIDIA® Parabricks® migliora lo standard degli strumenti di analisi secondaria, dall'allineamento alla chiamata delle varianti, consentendo l'analisi rapida dei dati di sequenziamento a lettura breve. Questi strumenti possono essere utilizzati con i dati di Element, Illumina, MGI, Singular e Thermo Fisher.
Il sequenziamento a lettura lunga è fondamentale per identificare varianti strutturali e può essere utilizzato per assemblare genomi da più campioni, che possono guidare lo studio della diversità genetica nelle popolazioni. NVIDIA Parabricks accelera gli strumenti di analisi secondarie gold-standard per basecalling, allineamento e chiamata delle varianti, consentendo l'analisi rapida di dati di sequenziamento a lettura lunga. Questi strumenti possono essere utilizzati sui dati dei sequenziatori Oxford Nanopore e PacBio a lettura lunga.
NVIDIA RAPIDS™ accelera i flussi di lavoro a cella singola per l'elaborazione e la visualizzazione dei dati, con un modello di usabilità simile alle librerie Scverse Python. cunnData fornisce una versione ridotta a icona e leggera dell'oggetto AnnData per la GPU, consentendo la manipolazione ed elaborazione rapida dei dati, che le librerie RAPIDS cuGraph e cuML possono quindi analizzare a valle.
NVIDIA Parabricks include un flusso di lavoro a cella singola e spaziale in grado di ridurre i ritardi e offrire una maggiore precisione. L’IA generativa è applicata in modo specifico all’analisi spaziale con VISTA-2D, un modello di base di imaging cellulare per la segmentazione ad alta precisione. Trattandosi di un algoritmo di deep learning basato su trasformatori, VISTA-2D lavora su più tipi di celle e supporta più set di dati, modalità e GPU.
I microservizi NVIDIA NIM™ offrono una soluzione completa e multilivello per l'inferenza dell'intelligenza artificiale, che combina la potenza di container predefiniti, API standard di settore, supporto di modelli personalizzati, codice specifico per i vari domini e motori di inferenza ottimizzati. Utilizza i microservizi NIM à la carte per creare il tuo flusso di lavoro per applicazioni genomiche personalizzate.
Esegui DeepVariant di Google ottimizzato per le GPU. Cambia i modelli per ottenere un'elevata precisione su tutti i principali sequenziatori.
Genera un output BAM con una o più coppie di file FASTQ, eseguendo le best practice BWA-MEM e GATK.
NVIDIA Parabricks fornisce versioni accelerate da GPU degli strumenti utilizzati ogni giorno da biologi computazionali e bioinformatici, consentendo runtime significativamente più veloci, scalabilità del flusso di lavoro e costi di calcolo più bassi.
Per i clienti che hanno bisogno di supporto per Parabricks nei flussi di lavoro clinici, nei progetti di sequenziamento di grandi dimensioni, nelle piattaforme high-throughput o in altri flussi di lavoro che richiedono assistenza immediata, NVIDIA offre NVIDIA AI Enterprise.
Confronta i vantaggi di Parabricks con NVIDIA AI Enterprise
Quattro leader fanno progredire la ricerca e la prevenzione delle malattie
Aumentare la precisione e la velocità del sequenziamento a lettura lunga con Pacific Biosciences
Ridurre l'analisi spaziale e a cellule singole da ore a minuti con Translational Genomics Research Institute
Risparmio di nove anni di tempo di elaborazione con NVIDIA Parabricks
NVIDIA Parabricks è una suite software accelerata da GPU per l'analisi genomica secondaria. Parabricks è compatibile con tutti i principali strumenti di sequenziamento e supporta diversi flussi di lavoro di bioinformatica.
Parabricks consente di aumentare la velocità, ridurre i costi e incrementare l'accuratezza dell'analisi genomica secondaria.
Sì, Parabricks è all'altezza dei risultati degli strumenti open source, quindi li puoi abbandonare e ottenere gli stessi risultati con Parabricks. Gli ultimi benchmark della versione 4.3.1 sono disponibili nella seguente tabella.
Tempo di esecuzione in minuti.Sequenziamento del genoma completo con copertura 30x per FQ2BAM, BWA-Meth, DeepVariant e Haplotype Caller con dati Illumina. Sequenziamento del genoma completo tumorale normale con copertura 50x per Mutect2 con dati Illumina.
Parabricks è disponibile come container pubblico su NVIDIA NGC™ per l'uso in locale o su qualsiasi piattaforma o fornitore di servizi cloud.
Parabricks può essere eseguito su fornitori, piattaforme e partner di cloud pubblico e in locale.
Requisiti hardware
Requisiti software
Parabricks è supportato sulla maggior parte delle GPU aziendali NVIDIA, tra cui A100, A6000, A40, A30, A10, L40, T4 e V100 Tensor Core.
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