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NVIDIA Clara™ for Genomics ソフトウェア スイートで、高精度ゲノミクスにかつてないスピードと精度を実現します。
ワークフローを最適化することで、発見と治療の特定までの時間を大幅に短縮します。
時間のかかる分析を数日から数分に短縮し、ゲノム ワークフローのスピード、精度、スループットを大きく改善します。
生殖細胞系ワークフローと体細胞ワークフローの両方で、全ゲノムとエクソームの配列、処理、バリアント コーリングを最適化します。
ゲノム解析市場には、創薬、精密医療、公衆衛生研究、臨床診断など、幅広い応用をカバーするさまざまな手法が含まれています。その状況は多様であり、研究機関、医療施設、シーケンシング診断センター、国や地域によるプログラム、製薬、バイオ技術などが含まれ、そのすべてがゲノム解析における発見において重要な役割を果たしています。分析にかかる時間を短縮することが速やかな診断、患者に合わせた治療、創薬の合理化につながります。時間とリソースを節約しながら患者のケアを改善し、データに基づいたリアルタイムの意思決定を可能にします。
ショートリード シーケンシングは短い DNA 配列を生成し、そのスピードと手頃な価格で評価されています。NVIDIA® Parabricks® は、アライメントからバリアント コーリングまで、ゴールドスタンダードの二次分析ツールを高速化し、ショートリード シーケンシング データの高速分析を可能にします。これらのツールは、Element、Illumina、MGI、Singular、Thermo Fisher、Ultima といったシーケンサーのデータで使用できます。
ロングリード シーケンシングは構造上の変異を特定する上で役立ち、複数のサンプルからゲノムを組み立てるのに利用できます。集団における遺伝的多様性の研究を推進できます。NVIDIA Parabricks は、ベースコーリング、アライメント、バリアント コーリングのためのゴールドスタンダードの二次分析ツールを高速化し、ロングリード シーケンシング データの高速分析を可能にします。これらのツールは、ロングリード シーケンサーの Oxford Nanopore と PacBio のデータで使用できます。
NVIDIA RAPIDS™は、scverse Python ライブラリと似たユーザビリティ モデルで、データの処理と可視化のために単一セル ワークフローを高速化します。cunnData は、GPU に対して最小化された軽量版の AnnData オブジェクトを提供します。そのオブジェクトは RAPIDS cuGraph および cuML ライブラリが下流で分析できます。
NVIDIA Parabricks にはシングル セルおよび空間ワークフローが含まれ、ボトルネックを高速化し、精度を向上させます。生成 AI は、特に高精度セグメンテーション向けセル イメージング基盤モデル VISTA-2D による空間解析に適用されます。トランスフォーマーに基づくディープラーニング アルゴリズムである VISTA-2D は、複数のタイプのセルで動作し、複数のデータセット、モダリティ、GPU をサポートしています。
NVIDIA NIM™ マイクロサービスは、事前に構築されたコンテナー、業界標準の API、カスタム モデルのサポート、ドメイン固有のコード、最適化された推論エンジンを組み合わせた、AI 推論のための包括的な階層化ソリューションを提供します。お好みの NIM マイクロサービスを使用して、カスタム ゲノム アプリケーション用の独自のワークフローを構築できます。
GPU に最適化された Google の DeepVariant を実行。すべての主要なシーケンサーでモデルを切り替え、高精度を実現します。
BWA-MEM と GATK のベスト プラクティスを実行することで、1 つ以上の FASTQ ファイルの組み合わせから BAM 出力を生成します。
NVIDIA Parabricks は、計算生物学者や生物情報学者が毎日使用するツールの GPU 対応版を提供します。実行時間の大幅な短縮、ワークフローのスケーラビリティ、計算コストの削減を実現します。
臨床ワークフロー、大規模シーケンシング プロジェクト、ハイスループット プラットフォーム、または速やかな支援が必要なその他のワークフローで Parabricks のサポートを必要とするお客様を対象に、NVIDIA は NVIDIA AI Enterprise を提供します。
Parabricks を NVIDIA AI Enterprise と組み合わせて使用する場合の利点を比較
4 人のリーダーが疾患研究と予防の進歩に貢献
Pacific Biosciences 社とのロングリード シーケンシングの精度とスピードを向上させる。
トランスレーショナル ゲノミクス研究所との共同研究により、単細胞解析と空間解析を数時間から数分へと短縮。
NVIDIA Parabricks により 9 年間分の処理時間を短縮
NVIDIA Parabricks は、GPU アクセラレーションを利用したゲノム解析用のソフトウェア スイートです。Parabricks は、業界をリードする主要なシーケンシング機器と互換性があり、多様なバイオインフォマティクス ワークフローをサポートしています。
Parabricks は、ゲノム解析のスピードを高め、コストを削減し、精度を向上させます。
はい。Parabricks はオープンソースのツールの結果と一致するので、オープンソースのツールから Parabricks に切り替えても同じ結果を得ることができます。リリース 4.3.1 の最新ベンチマークは、下の表にあります。
演算時間は分単位 。30 回の全ゲノム配列解析を FQ2BAM、BWA-Meth、DeepVariant および Haplotype Caller を対象に Illumina のデータを用いて実施。 50 回の腫瘍 / 正常全ゲノム配列解析を Mutect2 を対象に Illumina のデータを用いて実施。
Parabricks は、NVIDIA NGC™ 上でパブリック コンテナーとして、オンプレミスまたはクラウドサービス プラットフォーム (プロバイダー) でご利用いただけます。
臨床ワークフロー、大規模シーケンシング プロジェクト、ハイスループット プラットフォーム、または速やかな支援が必要なその他のワークフローで Parabricks のサポートを必要とするお客様には、NVIDIA は NVIDIA AI Enterprise を提供します。
Parabricks は、パブリック クラウド プロバイダー、プラットフォーム、パートナー、およびオンプレミスで実行できます。
ハードウェア要件
ソフトウェア要件
Parabricks は、A100、A6000、A40、A30、A10、L40、T4、V100 Tensor コア GPU など、ほとんどの NVIDIA エンタープライズ GPU でサポートされています。
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