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정밀 유전체학에서 전례 없는 속도와 정확성을 제공하는 NVIDIA Clara™ 소프트웨어 제품군.
최적화된 워크플로우를 통해 발견 및 치료 식별에 소요되는 시간을 대폭 단축할 수 있습니다.
시간이 오래 걸리는 분석을 며칠에서 단 몇 분으로 단축하여 유전자 워크플로우의 속도, 정확도 및 처리량을 혁신합니다.
생식선 및 체세포 워크플로우 모두를 위해 전체 유전자 및 엑솜의 정렬, 처리 및 변이 검출을 최적화합니다.
유전체학 시장에는 신약 개발, 정밀 의학, 집단 건강 연구 및 임상 진단 전반에 걸쳐 광범위한 애플리케이션을 포괄하는 여러 가지 방법이 존재합니다. 연구 기관, 헬스케어 시설, 시퀀싱 진단 센터, 국가 프로그램, 제약 및 테크 바이오 등 다양한 환경이 유전체학 발견에서 필수적인 역할을 수행합니다. 더 빠른 분석은 더 빠른 진단, 맞춤형 치료, 간소화된 신약 개발로 이어져 시간과 리소스를 절약하는 동시에 환자 치료를 개선하고 실시간 데이터 기반 의사 결정을 가능하게 합니다.
짧은 읽기 시퀀싱은 짧은 DNA 시퀀스를 생성하며 그 속도와 경제성으로 높이 평가됩니다. NVIDIA® Parabricks®는 정렬에서 변이 검출에 이르기까지 최적의 표준 이차 분석 도구를 가속화하여 짧은 읽기 시퀀싱 데이터를 빠르게 분석할 수 있도록 지원합니다. 이러한 도구는 Element, Illumina, MGI, Singular, Thermo Fisher 및 Ultima 시퀀서의 데이터와 함께 사용할 수 있습니다.
롱 리드 시퀀싱은 구조적 변이를 식별하는 데 중요한 역할을 하고 여러 샘플에서 유전자를 조합하는 데 사용될 수 있으며, 이는 집단의 유전적 다양성 연구를 주도할 수 있습니다. NVIDIA Parabricks는 염기 결정, 정렬 및 변이 검출을 위한 2차 분석 도구를 최적의 표준으로 가속화하여 롱 리드 시퀀싱 데이터를 빠르게 분석할 수 있도록 지원합니다. 이러한 도구는 Oxford Nanopore 및 PacBio 롱 리드 시퀀서의 데이터에 사용할 수 있습니다.
NVIDIA RAPIDS™는 scverse Python 라이브러리와 유사한 사용성 모델을 통해 데이터 처리 및 시각화를 위한 단일 셀 워크플로우를 가속화합니다. cunnData는 GPU용 AnnData 개체의 최소화된 경량 버전을 제공하여 신속한 데이터 조작 및 처리를 지원하며, RAPIDS cuGraph 및 cuML 라이브러리는 다운스트림을 분석할 수 있습니다.
NVIDIA Parabricks에는 병목 현상을 가속화하고 정확도를 높이기 위한 단일 셀 및 공간 워크플로우가 포함되어 있습니다. 생성형 AI는 특히 고정밀 세분화를 위한 셀 이미징 기반 모델인 VISTA-2D를 사용하여 공간 분석에 적용됩니다. 트랜스포머 기반 딥 러닝 알고리즘인 VISTA-2D는 여러 유형의 셀에서 작동하고 여러 데이터 세트, 모달리티 및 GPU를 지원합니다.
NVIDIA NIM™ 마이크로서비스는 사전 구축된 컨테이너, 업계 표준 API, 맞춤형 모델 지원, 도메인 특화 코드, 최적화된 추론 엔진의 성능을 결합하여 AI 추론을 위한 포괄적이고 계층화된 솔루션을 제공합니다. Use à la carte NIM microservices to build your own workflow for custom genomic applications.
GPU에 최적화된 Google의 DeepVariant를 실행하세요. 모든 주요 시퀀서에서 높은 정확도를 위한 스위치 모델.
BWA-MEM & GATK 모범 사례를 실행하여 하나 이상의 FASTQ 파일 쌍을 사용하여 BAM 출력을 생성합니다.
NVIDIA Parabricks는 컴퓨팅 생물학자와 생물정보학자가 항상 사용하는 도구의 GPU 가속 버전을 제공하여 빠른 런타임과 워크플로우 확장성을 실현하고 컴퓨팅 비용을 절감합니다.
임상 워크플로우, 대규모 시퀀싱 프로젝트, 고처리량 플랫폼 또는 즉각적인 지원이 필요한 기타 워크플로우에서 Parabricks에 대한 지원이 필요한 고객에게 NVIDIA는 NVIDIA AI Enterprise를 제공합니다.
Parabricks의 이점을 NVIDIA AI Enterprise와 비교하기
질병 연구 및 예방을 발전시키는
태평양 바이오 사이언스를 통한 롱 리드 시퀸싱의 정확성과 속도 향상.
Translational Genomics Research Institute를 통해 단일 셀 및 공간 분석을 몇 시간에서 몇 분으로 단축합니다.
NVIDIA Parabricks는 2차 게놈 분석을 위한 GPU 가속 소프트웨어 제품군입니다. Parabricks는 모든 주요 시퀀싱 장비와 호환되며 다양한 생물 정보학 워크플로우를 지원합니다.
Parabricks는 속도를 높이고 비용을 줄이며 2차 게놈 분석의 정확도를 높입니다.
네, Parabricks는 오픈 소스 도구의 결과와 일치하므로 오픈 소스 도구를 전환하고 Parabricks와 동일한 결과를 얻을 수 있습니다. 4.3.1 릴리스의 최신 벤치마크는 아래 표에서 찾을 수 있습니다.
성능 측정 시간(분). Illumina 데이터를 사용하여 FQ2BAM, BWA-Meth, DeepVariant, Haplotype Caller에 대해 30배 전체 유전체 시퀀싱. Illumina 데이터를 사용하여 Mutect2에 대해 50배 종양 정상 전체 유전체 시퀀싱.
Parabricks는 온프레미스 또는 클라우드 서비스 플랫폼 또는 공급업체에서 사용할 수 있도록 NVIDIA NGC™의 공용 컨테이너로 제공됩니다.
임상 워크플로우, 대규모 시퀀싱 프로젝트, 고속 처리 플랫폼 또는 즉각적인 지원이 필요한 기타 워크플로우에서 Parabricks에 대한 지원이 필요한 고객을 위해 NVIDIA AI Enterprise를 제공합니다.
Parabricks는 퍼블릭 클라우드 공급업체, 플랫폼 및 파트너, 온프레미스 등에서 실행할 수 있습니다.
하드웨어 요구 사항 CUDA 아키텍처 70, 75, 80, 86, 89, 90을 지원하고 16GB 이상의 GPU RAM이 있는
소프트웨어 요구 사항
Parabricks는 A100, A6000, A40, A40, A30, A10, L40, T4, V100 Tensor 코어 GPU를 포함한 대부분의 NVIDIA 엔터프라이즈 GPU에서 지원됩니다.
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