OpenACC 加入 GPU 加速功能為頂尖基因體應用挹注能量 協助加快救命藥物之研發

 

 

DNADist 軟體輕鬆加速 16 倍為羅氏和更多藥廠加速藥物研發

2012 年 8 月 7 日 ─ NVIDIA (輝達) 宣布 OpenACC 程式開發標準已可讓華人研發人員大幅加速 DNADist 基因體應用(註1)。DNADist 基因體應用早期用於治療各種遺傳病症，例如唐氏症、血友病、囊狀纖維化，以及鎌刀型貧血症等。

上海交通大學研究人員運用 CAPS enterprise OpenACC 編譯器，僅在應用程式碼加入四個簡單的提示 (也就是「管理指令」)，即可在 NVIDIA® Tesla® 繪圖處理器 (GPU) 的系統將 DNADist 應用程式的執行作業加速 16 倍。

DNADist 是一個距離陣列應用軟體，用於研究在進化史的過程中不同物種之間的各種基因關係，可讓研究人員藉由讀取核酸序列，從已完成排序的 DNA 資料擷取資訊；這種做法大有可能增加研究人員對普遍遺傳病病因的瞭解，進而找出治療的方法。加速 DNADist 應用程式可讓研究人員在研究時能大幅提升輸入資料的數量，進而可在治療疾病的研究過程中提早獲得有幫助的資訊。

OpenACC 是針對採用管理指令的平行運算的程式標準，可讓全球數百萬的研究人員輕鬆運用 GPU 運算帶來的革命性運算威力。無論使用者是否擁有全面性的平行運算編程專業知識，OpenACC 都可提供最簡易的方法，讓他們使用熟悉的編程模式即可在數小時內加速他們的研究。

加入GPU加速功能的 OpenACC 讓羅氏藥廠驚豔
無需大費周章即可提供革命性的應用加速功能，OpenACC 可讓羅氏等全球知名藥廠用更快和更具成本效益的方法找出新藥的研究方法，而且可快速投入效力更好的新藥研發工作。

羅氏藥廠全球資訊部專案總監 Steven Pan 表示：「DNADist 是我們最重要的應用程式之一，而 OpenACC 能用快速、簡易的方法即可在 DNADist 軟體中釋放 GPU 的加速功能，實在讓我感到驚嘆不已。GPU 的潛力產生的影響是無價的，因為它可以為我們的藥物加快上市時程，儘管只是提早一天，都將能拯救更多生命。」

NVIDIA (輝達) 公司 Tesla 事業部門資深總監 Sumit Gupta 表示：「從龐大的 DNA 排序資料中擷取有意義的資訊需要源源不絕的運算效能。OpenACC 讓研究人員快速、輕鬆地運用 GPU 加速器的大量效能為龐大的基因體資料進行分析。這樣可大幅縮短研究各種生物系統所需的時間，也大有可能找出研究全新且更有效力藥物的方法。」

目前已有眾多且越來越多的研究人員和工程師都使用支援 OpenACC 的編譯器和 CPU/GPU 混合運算系統，為各種各樣的應用加速，例如電腦輔助設計與製造 (CAD/CAM)、影像處理、材料科學、分子動力學、量子化學，以及其他眾多應用。在許多應用中，使用者表示他們可加速 5 至 10 倍，而且所需時間僅幾個小時。

OpenACC 和 DNADist 網路研討會 － 2012 年 9 月 7 日
CAPS enterprise 將於太平洋時間 2012 年 9 月 7 日 (台灣時間 2012 年 9 月 6 日) 提供一個免費的網路研討會，教授參加者有關 OpenACC 的使用方法和最佳案例，並提供更多有關 DNADist 應用加速的詳情。欲知更多資訊或報名註冊，請瀏覽 https://www2.gotomeeting.com/register/668751466 網站。

(註1)：DNADist 是 Phylip (PHYLogeny Inference Package) 開放原始碼程式套件的一部分。該套件為生物科學領域中，主要研究種系發展史的學者所運用。資料來源：//en.wikipedia.org/wiki/PHYLIP 網站。

關於 Tesla GPU
NVIDIA Tesla GPU 是以 NVIDIA CUDA® 平行運算平台打造的密集型平行運算加速器。Tesla GPU 專為節能的高效能運算、運算型科學和超級運算設計，相較於僅搭載 CPU 的途徑，可針對廣泛的科學類和商用應用提供大幅提升的應用加速。

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關於 NVIDIA (輝達)
NVIDIA (輝達) 公司在 1999 年發明了繪圖處理器 (GPU) 後，便讓全世界認識到電腦繪圖功能的威力；如今，其處理器啟動從智慧型手機到超級電腦等廣泛的產品。NVIDIA (輝達) 的行動處理器，普遍應用於手機、平板電腦以及車用資訊娛樂系統中。PC遊戲玩家仰賴 GPU，享受真正身歷其境的世界。專業人士利用 GPU 創造電影中精采的 3D 繪圖和視覺效果，也設計出從高爾夫俱樂部到大型噴射客機等各種物件。而研究員運用 GPU，可以透過高效能電腦促進科學新領域的發展。NVIDIA (輝達) 擁有超過 5,000 項已核發、認可或申請中之專利，其中包括現代運算技術基礎之設計與深入研究。欲瞭解更多NVIDIA (輝達) 詳細資訊，請瀏覽 www.nvidia.com.tw 網站。

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