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適用於基因體的 NVIDIA Clara™ 軟體套件,為精密基因體研究提供前所未有的速度和準確度。
透過優化工作流程,大幅縮短發現和判別治療方法所需的時間。
將耗時的分析從數天縮短為數分鐘,徹底改變基因體研究工作流程的速度、準確度和吞吐量。
針對生殖細胞和體細胞分析工作流程,將完整基因體和外顯子的比對、處理和變異偵測最佳化。
基因體研究市場包含各種方法,涵蓋藥物研發、精準醫療、人口健康研究和臨床診斷等廣泛應用。應用範圍相當多元,包含研究機構、醫療照護機構、定序診斷中心、國家計畫、製藥和生物科技,都在基因體研究的探索中扮演要角。更快速的分析可加速診斷、個人化治療,並簡化藥物研發流程,不僅節省時間和資源,也同時改善病患照護品質,實現以數據驅動的即時決策。
短序列片段定序會產生較短的 DNA 序列,因其速度快且經濟實惠,而廣受歡迎。NVIDIA® Parabricks® 可加速黃金標準的二級分析工具,從比對到變異偵測,都能快速分析短序列片段定序資料。這些工具可用於處理來自 Element、Illumina、MGI、Singular、Thermo Fisher 和 Ultima 定序器的資料。
長序列片段定序有助於辨識結構變異,並可用於組裝來自多個樣本的基因體,進而推動族群遺傳多樣性的研究。NVIDIA Parabricks 可加速黃金標準的二級分析工具,進行鹼基偵測、比對和變異偵測等研究,快速分析長序列片段定序資料。這些工具可用於分析 Oxford Nanopore 和 PacBio 長序列片段定序器的資料。
NVIDIA RAPIDS™ 使用與 scverse Python 函式庫類似的可用性模型,藉此加速資料處理和視覺化的單細胞工作流程。cunnData 則為 GPU 提供 AnnData 物件的最小化輕量版本,可快速操作和處理資料,再由 RAPIDS cuGraph 和 cuML 函式庫接著進行下游分析。
NVIDIA Parabricks 提供運算生物學家和生物資訊學家每天可使用的 GPU 加速版本工具,大幅加速執行時間、工作流程的擴充性,並降低運算成本。
RAPIDS 是一套開源函式庫,可透過 GPU 加速的強大功能,加快端對端資料科學工作流程。借助 RAPIDS 的力量,使用 Python API 在大型資料集執行互動式資料分析成為可能。
NVIDIA Parabricks 在 NVIDIA NGC™ 和 DGX™ Cloud 上提供一系列容器和預先訓練的模型。購買 NVIDIA AI Enterprise 後,可獲得企業級支援,提供具保證的回應時間、優先安全通知,以及 Parabricks 專家的支援。
NVIDIA 與 Broad 合作,將 GPU 加速的 Parabricks 引進 Terra 平台,並優化人工智慧加速工作流程和大型語言模型以推動探查。
NBT 使用 NVIDIA DGX A100 與 NVIDIA Parabricks,將完整基因體定序資料處理所需耗費的時間縮短 4 個月,且個別使用者處理時間從 30 小時減少至 1 到 2 小時。
東京大學的 HGC 宣佈利用 NVIDIA Parabricks 管道基因體應用軟體推出全新基因體平台,可將基因體分析速度提升 40 倍,比在 CPU 環境中快 40 倍。
Regeneron 正使用搭載 NVIDIA Parabricks 的 DeepVariant,產生能夠在整個基因體研究社群中重現的可擴充、高品質資料。
Ultima Genomics 正與 NVIDIA 合作,透過人工智慧和加速運算提供價值 100 美元的基因體定序。
Singular Genomics 與 NVIDIA 合作,提供領先業界的新一代定序和分析速度。
Oxford Nanopore 正在升級其 PromethION 電腦塔,預計從 NVIDIA V100 Tensor 核心 GPU 升級為 A100 Tensor 核心 GPU。提升處理能力後,他們便可望跟上高精準度基礎的趨勢,並能大幅擴展超精確演算法的容量。
圖片來源:Steve Fisch,史丹佛大學。
一組研究人員在 5 小時 2 分鐘內創下新的 DNA 定序記錄,臨床醫師可以從重症照護患者身上抽血,並在當日達成基因疾病診斷。
史丹佛大學將 DeepVariant 的 GPU 加速實作與 NVIDIA Parabricks 整合,證明如此可大幅縮短執行時間。
Purdue 的研究人員完成一項研究,評估病原體基因變異辨識 GPU 加速的運算框架的效能和準確度。
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