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NVIDIA Clara™ 為了 Genomics 軟體套件為精準基因體實現劃時代的速度與精準度。
透過優化工作流程,大幅縮短發現和判別治療方法所需的時間。
將耗時的分析從數天縮短為數分鐘,徹底改變基因體研究工作流程的速度、準確度和吞吐量。
針對生殖細胞和體細胞分析工作流程,將完整基因體和外顯子的比對、處理和變異偵測最佳化。
基因體研究市場包含各種方法,涵蓋藥物研發、精準醫療、人口健康研究和臨床診斷等廣泛應用。應用範圍相當多元,包含研究機構、醫療照護機構、定序診斷中心、國家計畫、製藥和生物科技,都在基因體研究的探索中扮演要角。更快速的分析可加速診斷、個人化治療,並簡化藥物研發流程,不僅節省時間和資源,也同時改善病患照護品質,實現以數據驅動的即時決策。
短序列片段定序會產生較短的 DNA 序列,因其速度快且經濟實惠,而廣受歡迎。NVIDIA® Parabricks® 可加速黃金標準的二級分析工具,從比對到變異偵測,都能快速分析短序列片段定序資料。這些工具可用於處理來自 Element、Illumina、MGI、Singular、Thermo Fisher 和 Ultima 定序器的資料。
長序列片段定序有助於辨識結構變異,並可用於組裝來自多個樣本的基因體,進而推動族群遺傳多樣性的研究。NVIDIA Parabricks 可加速黃金標準的二級分析工具,進行鹼基偵測、比對和變異偵測等研究,快速分析長序列片段定序資料。這些工具可用於分析 Oxford Nanopore 和 PacBio 長序列片段定序器的資料。
NVIDIA RAPIDS™ 使用與 scverse Python 函式庫類似的可用性模型,藉此加速資料處理和視覺化的單細胞工作流程。cunnData 則為 GPU 提供 AnnData 物件的最小化輕量版本,可快速操作和處理資料,再由 RAPIDS cuGraph 和 cuML 函式庫接著進行下游分析。
NVIDIA Parabricks 包括單細胞與空間分析工作流程,可消除運算瓶頸並提高準確度。不僅具備空間分析專用的生成式人工智慧,還結合可針對細胞影像進行高精準度分割的基礎模型「VISTA-2D」。VISTA-2D 是以轉換器為架構的深度學習演算法,適用於多種類型的細胞,並支援多種資料集、模式與 GPU。
NVIDIA NIM™ 微服務為人工智慧推論提供全面且分層的解決方案,結合預先建置容器的強大功能、業界標準的 API、客製化模型支援、特定領域的程式碼,以及最佳化的推論引擎。 利用單獨非成套的 NIM 微服務,建立自己的工作流程,適用於客製化的基因體應用。
執行 Google 針對 GPU 最佳化的 DeepVariant。根據主要定序器切換模型,藉此維持高準確度。
採取 BWA-MEM 與 GATK 最佳做法,將單對或多對 FASTQ 檔案輸出成 BAM。
NVIDIA Parabricks 提供運算生物學家和生物資訊學家每天可使用的 GPU 加速版本工具,大幅加速執行時間、工作流程的擴充性,並降低運算成本。
NVIDIA 提供 NVIDIA AI Enterprise,適用於臨床工作流程、大型定序專案、高輸送量平台或其他需要立即協助的工作流程中需要 Parabricks 支援的客戶。
比較 Parabricks 搭配 NVIDIA AI Enterprise 的優勢
四間頂尖機構正在推動疾病研究與預防
運用 Pacific Biosciences 提升長片段定序的準確度與速度。
轉譯基因體研究所將單細胞與空間分析所需的時間從數小時縮短至幾分鐘。
利用 NVIDIA Parabricks 節省 9 年的處理時間
NVIDIA Parabricks 是一款用於二級基因體分析的 GPU 加速軟體套件。Parabricks 與所有頂尖定序儀器相容,並支援多種不同的生物資訊學工作流程。
Parabricks 可提升速度、降低成本,並加強二級基因體分析的準確度。
是,Parabricks 與開放原始碼工具的結果相符,因此您可以汰換開放原始碼工具,並使用 Parabricks 獲得完全相同的結果。下表是 4.3.1 版的最新評測基準結果。
效能 (單位:分鐘) 使用 Illumina 資料對 FQ2BAM、BWA-Meth、DeepVariant 和 Haplotype Caller 進行全基因體定序,速度快上 30 倍。使用 Illumina 資料,對 Mutect2 進行腫瘤-正常全基因體定序,速度快上 50 倍。
Parabricks 在 NVIDIA NGC™ 上以公開容器的形式提供,可透過本機或任何雲端服務平台或供應商使用。
Parabricks 可透過公用雲端供應商、平台、合作夥伴,以及本機運行。
硬體需求
軟體需求
大部分 NVIDIA 企業級 GPU 均支援 Parabricks,包括 A100、A6000、A40、A30、A10、L40、T4 和 V100 Tensor 核心 GPU。
如有其他問題,歡迎與 NVIDIA 業務聯繫。
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